А от сканирования диска, если система предлагает его при старте, лучше не отказываться, особенно на FAT32. Некоторые повреждения структуры FAT (просто логические нессответствия, а не бэдблоки) могут носить цепной характер - одно повреждение при обращении к нему может спровоцировать искажение данных в другом месте, последующее обращение к этому искажённому месту испортит ещё что-то и в результате можно получить полностью нерабочую систему.

Кстати, а в чём преимущество этого NTFS перед FAT?
По поводу файловых систем рекомендую почитать эту тему.
Я от FAT32 полностью отказался ещё в 1999 году и ни разу об этом не пожалел.