учитывая кросс-линкед, можно запустить

chkdsk.exe <лог. диск с проблемой> /F

например chkdsk.exe c: /f

можно ключ /r добавить, если не поможет, он будет искать бэдсектора (физически запорченные места на винте).

учитывая что диск системный, захочет перезагрузиться. При загрузке проверит и починит по идее.