fred_kaa - вроде и ничего, но мне кажется, что сюда smd просятся. Размеры, конечно, уменьшить уже некуда особо - контроллер и разъемы всё равно не упакуешь плотнее, но чисто эстетически..
Эх, мне бы это пораньше - поленился разводить.
gsh23 - по первому вопросу не парься, это не используется. По второму - если ставишь дроссель - дорожку резать обязательно, иначе нафига он нужен?

Кнопки работают именно как матрица, на землю замыкать не получится. Потому их так много и получается. Определился контроллер у тебя и в самом деле как-то неправильно (9 осей меня смущают - видно, что-то с дескрипторами осей? Ты в нормальности hex-файла прошивки уверен?) - но а попробовать проверить? Ну или стереть да перешить.