Вероятность похерить данные при преобразовании партишнмагиком намного выше, чем при преобразовании штатной мелкомягкой утилиткой, так что бэкап ценной информации нужен в олюбом случае. Но самый лучший вариант преобразования - это backup-format-restore, бо после конвертирования штатной утилиткой получается кластер 512 байт и очень сильная фрагментация диска, да и партишнмагик, когда я последний раз им пользовался, тоже делал такой кластер.