Высаживать коммандос в Sub Command я еще не пробовал, но в 688(i) Hunter/Killer это делается так:
1) нужно быть в заданном районе высадки в заданный промежуток времени. Иначе коммандос не хотят высаживаться и mission fail.
2) Лодка должна быть на перископной глубине на скорости не более 3 узлов. При выполнении этих условий коммандос высаживаются автоматически.
3) Если в Sub Command на экране Navigation кликнуть правой кнопкой по какому-нибудь объекту, то если выполняются условия п.2), в меню появляется опция Attack with Commandos. Видимо, при этом братва высаживается и захватывает/уничтожает объект.