Подробностей бы поболее (система, версия ПО HOTAS Cougar, версия прошивки).

Пока два предположения (на собственном опыте):
1. Старая версия прошивки и ПО HOTAS Cougar.
2. У компьютера дефицит свободных прерываний (IRQ) и каналов DMA. Windows через определенный промежуток времени опрашивает все устройства на предмет занимаемых ресурсов и по-своему пытается оптимизировать их использование; не всегда удачно для Cougar.
Лечится отключением в BIOS неиспользуемых COM и LPT, PS/2 mouse, принудительным назначением прерываний PCI-слотам.