1. Нет, не надо, можно совмещать одно с другим. Одно дело - свойства графики, другое - настройки игры.
2. Галка "Вкл. режим с геометрическими пропорциями экрана 4:3" (специально для ЖК).
3. Баланс должен быть таким, чтобы тебя устраивало.
Галочки каждый ставит на свое усмотрение, экспериментально перебирая варианты.
Прога исправляет conf.ini и только. Всё, что она делает можно сделать и без нее, вручную, исправляя conf.ini руками.