Maru - это не корабль. Мару - это "круг".
С давних времён нихонцы рисовали круги-"глаза" на своих кораблях, дабы отвадить нечистых духов. Потом рисовать глаза перестали, оставив напоминание о них в названии. Получилась добавка к названию корабля, наподобие HMS или USS