СФ- и АФ- модели просто разные, написанные независимо друг от друга (СФМ раньше, АФМ позже), имеют принципиально разную архитектуру кода, и основаны на разных системах уравнений, описывающих физику и работу систем планера, бортового оборудования и двигателя. Основное отличие АФМ - в более детальной проработке всяких мелочей, из которых потом складывается общая "реалистичная" картина ДМ и ФМ, а также отсутствие свойственных СФМ "скриптовых" алгоритмов динамики самолёта (например, "если угол атаки больше ... и угловая скорость крена больше ... то теперь моделируем штопор - т.е. начали вращать туда-то..."), поэтому самолёт с АФМ выглядит более "живым" (куда его пнёшь, туда он и полетит/поедет/поползёт).