Вероятно проблема решилась, но полее подробно тестировать не было времени, сделал только пробный вылет. А все дело оказалось в том, что в разделе [rts] было две строки:
[rts]
;ProcessAffinityMask=1
ProcessAffinityMask=3

каким образом появились кавычки и появилась вторая строка и включились оба процессора - ума не приложу, но я ее точно сам не включал. Удалил ProcessAffinityMask=3 и убрал кавычки и вроде залетало на прежних цифрах на 4.06 Но надо еще проверить подольше полетать.