Если ничего не помогает:
У системы может быть дефицит свободных прерываний (IRQ) и каналов DMA. Windows через определенный промежуток времени опрашивает все устройства на предмет занимаемых ресурсов и по-своему пытается оптимизировать их использование; при этом устройства могут кратковременно отключаться.
Лечится отключением в BIOS неиспользуемых COM и LPT, PS/2 mouse, принудительным назначением прерываний PCI-слотам.
Я так в свое время решил проблему с произвольным отключением педалей Act-Labs.