В общем, попробовал il-2Config - вылетело управление РУДом со джойстика. Притом не только не управлялось, но и Иловская панель управления на ось U не реагировала, и il-2Config эту ось не видел (когда потом еще раз его запустил).
Сравнение конфигов показало, что в строке с конфигурацией оси U стоит
-1 -1 -1 ....
Взял строчку из старого конфига, вроде все заработало.