У меня как то раз была такая фигня, причем в аккурат тогда, когда я поставил, ХР SP2.
У меня почему-то в папке UserSubA [Интерфейсы Акулы] оказались файлы от 688-й лодки.
Соответственно происходил глюк - Субчейнджер начинал патчить папку не с нужным интерфейсом и в экзешнике указывался неверный тип мачт.
Просмотри такую вещь как Keep File в каждом интерфейсе UserSub - там указано чей это базовый интерфейс.
А потом проверь соответствие интерфейсов лодки которые находятся в этой папке - т.е те ли это файлы.
Также файл Restore.bin может оказаться не в той папке - он перезаписывает базу данных - убирает мачты и буксируемые гидролокаторы, у той лодки на которой ты отыграл. А при выборе другой лодки, он и используется для перезаписи базы данных .
Может быть побился Controllers.ini - посмотри, нет ли в конце этого файла каких нибудь квакозябр. Если есть, замени файл на тот что с модом идет.
Лечил так - установил все по новой, и поместил длл, грп и ндх по соответствующим им папкам после этого все заработало, новые лодки патчились без проблем.
Если не поможет, могу еще раз у себя поставить SC со всеми этими наворотами и посмотреть как все будет работать, потом может что-нибудь дельное и посоветую.