Михаил всё правильно говорит...
setup.ini называться должно...
правильность его проверяете без ила - закрываете сэтап.ини, запускаете прогу, дёргаете джой и смотрите - бегают ли циферки. если нет, играйтесь номерами осей, пока не найдёте нужный. отключив после этого в иле используемые прогой оси - всё должно работать...