Да, кстатии есть утила: MultiSH3 (не могу найти ссылку), короче делает так чтобы профайлы не смотрели только в папку: blah-blah\My Documents\SH3, а можно сделать любую папку (ограничение - длина 3 символа :-)). У меня таким образом стоит два сайлентхунтера - один с GWX, другой для онлайна, со своими модами. Можно также сделать чтобы был просто один СХ3, но при перестановке модов - указывать папку с профилями для данного(ых) выбранного(ых) модов.
К примеру Rub конфликтует с 9Флотилией модом, при выборе мода Руб в этой утиле указать папку rub, при выборе 9 Флотилии 9th и никто никого перетирать не будет.