У меня драйвер альтернативный, но суть та же. Игру запускаю батником, внутри которого:

query FB_LSA_3.0.bpf
il2fb.exe
query -c

т.е. загружается профиль джойстика, запускается Ил2, а по заершении игры профиль джойстика выгружается.
Если твой профайлер позволяет загружать профили из командной строки, то никаких трудностей не вижу.