Грушевский сочувственно отнесся к образованию СССР и после получения разрешения Политбюро ЦК ВКП(б) в марте 1924 вернулся в Киев. Был избран академиком Всеукраинской Академии наук, руководителем историко-филологического отдела. Вновь начали выходить тома Истории Украины – Руси, печатались другие его работы. Ближайшей помощницей ученого была талантливый историк и социолог, единственная дочь – Екатерина (впоследствии была репрессирована, умерла в тюрьме).
Предпринятое коммунистической властью на рубеже 1920–1930-х годов наступление на дореволюционную профессуру затронуло и Грушевского. Его труды подвергли остракизму, самого ученого отстранили от работы в Всеукраинской Академии наук, а 23 марта 1931 по дороге на сессию Академии наук СССР в Москве арестовали. К тому времени органами ОГПУ было сфабриковано дело «Украинского национального центра», главой которого якобы являлся старый академик. «Центру» вменялась в вину попытка оторвать Украину от СССР и восстановить там буржуазный порядок. Более полумесяца ученый провел в тюрьмах Москвы и Харькова, где подвергался интенсивным допросам. На свободу Грушевского выпустили после ходатайства двоюродного брата, заместителя председателя Госплана СССР Г.И.Ломова-Оппокова. Однако освобождение не принесло радости: ученого по-прежнему травили, он проживал в Москве под бдительным контролем органов ОГПУ, возвращаться на родину ему не разрешили.
Да, молодцы комуняки. Не пустили в расход.