Причин может быть несколько.
1. Бок питания может поддерживать работу кулеров после отключения матери - это умеют многие БП, обычно это довольно навороченные модели, такие как, например, Be Quiet Dark Power BQT P6-600W. Это нужно для более активного охлаждения жрущих компонентов и после отключения машины.
Однако, тогда бы эта фишка работала бы независимо от кардридера.
2. Чтобы отключить БП, надо перемкнуть всего лишь два контакта в кабеле питания БП. Бывает, что дохнущие матери (подсохли электролиты, подпросели мосфеты) этого не делают, и тогда БП остаётся работать. Тогда получается, что хоть мать и сбрасывает флажок PG, и ресетит весь тракт питания шины, но кулера тогда продолжают крутиться. Но не медленно, как у тебя, а в обычном режиме.
3. Бывает, что с такими признаками дохнет БП - пока не подключишь что-нибудь, требующее нагрузки повыше - всё тип-топ, а как дашь ему пропукаться - становится всё чудесатее и чудесатее. Я бывало подобные вещи наблюдал, когда свой выносной винт по USB подключал к чужой машине - винту надо много, питальник заметно напрягается, и если пашет в пиковой нагрузке - либо винт не стартует, либо начинается мистика. Либо и то и другое.

Резюме: вряд ли это кардридер. Либо БП, либо мать.
Осмотреть мать на предмет вспухлых кондёров, потемневших дорожек, и прочего.
Взять у друга БП помощней и попробовать с ним.