У Кербера описана ситуация, после выпуска Ту-104 кто-то предложил "а давайте дальше все пассажирские самолеты называть номером с четверкой в конце", на что было отвечено "а давайте". То есть, как минимум в некоторых случаях КБ имело право выбирать номер самостоятельно.
Может, так и было, КБ предлагает номер из каких-то внутренних соображений, его утверждают?