Как раз в этом файле и настраивается второй джой (по крайней мере у меня).Хм.. Наверное нет, т.к. я правлю только conf.ini А как ты их настраиваешь? Тогда и будем думать как это сделать..
Смотрим секцию [rts_joystick]. Записи, относящиеся к строкам 1X1, 1Y1 и т.д., ИМХО и отвечают за калибровку второго девайса.
P.S. А что с переключателем?