Можно ставить в таком порядке, как написали. Не знаю только насчет модов Rafael-а.
Воду можете эту посмотреть, правда как там с прозрачностью уже не помню.
Или CLAssemblage2(GraphicPack) для Silent Hunter III.
Если сами собираетесь править, то цвета смотрите в Env\EnvColors_*.dat, прозрачность (расстояние с которого "туман" начинается) в scene.dat - EnvData/Underwater/Fog/ZMin и ZMax.