1. Снести сим штатными средствами.
2. Вычистить все остатки (помимо My Documents, FSX лезет в Application Data, не все удаляет из папки со своей основной установки), включая реестр - HKLM\Software\Microsoft Games\Flight Simulator X - удалить, тоже самое для ключа HKCU если обнаружится. Раздел Microsoft Games можно оставить - если нет никаких других игр от MS - то можно и снести.
3. Переустановить Net Framework на самую крайнюю версию (тоже сначала старые версии снести) и VC 2005 redistributive. Для спокойствия еще можно поставить VC 2008 redistributive.
4. Поставить сим, не применять никаких обновлений, патчей, аддонов.
5. Запустить (чтобы просчитались все сценарии и проинициализировалась игра). Активировать необязательно.
6. Поставить SP1 (обязательно! - если сразу ставить SP2 - будут глюки). После установки еще раз запустить сим - чтобы он проинициализировал все обновки.
7. По такому же рецепту поставить SP2 - установка, а потом запуск сима. Тут можно и активировать.
8. И только потом ставить Acceleration Pack (а лучше вообще не ставить - глючный он как незнамо что - особенно по части миссий) и прочие другие аддоны.
Мне такой рецепт с английской версией (правда Deluxe) помог - только ситуация у меня была запущеннее - запускался только Default Flight, все остальное вылетало на десткоп.