1. Протестировал крайние версии прошивок и конфигуратора на ATMega16 и ATMega168, автокалибровка работает отлично, в целом конфигуратор полностью функционален.
2. Собрал MMjoy2 на ATMega32u4. За основу взял файл схемы:http://mmjoy.googlecode.com/svn/wiki/m32u4.lay (c)China.
Плату подгонял под свои размеры:
И загрузчик и конфигуратор работают замечательно.
Скороть обмена - в среднем 480 пакетов в секунду.
P.S. Предупреждая вопросы по перемычке - перепутал две ноги в разводке. Здесь уже исправленный вариант в формате SprintLayout: https://code.google.com/p/mmjoy/wiki/MMJOY2