Для сохранения нажимай "сохранить как SCR.mis".
Ты же видимо нажимаешь просто "сохранить" - в этом случае редактор пытается сохранить слой в одиночную миссию и у тебя выскакивает сообщение об обнаружении ошибок и невозможности сохранения. В окне утверждения миссии пишут "ERROR: No player unit found." - то, что нужно только для одиночных миссий.