Шесть историй, действие которых происходит в разное время, тесно переплетаются между собой.
Тихоокеанский дневник Адама Юинга — середина XIX века. История американского нотариуса, который на корабле возвращается домой. В пути он знакомится с английским доктором Генри Гузом и беглым рабом Аутуа.
Письма из Зедельгема — 1931 год. Молодой английский композитор Роберт Фробишер, сбегая от богатого отца, устраивается в подмастерья к известному композитору Вивиану Эйрсу, вместе с которым он создает секстет «Облачный атлас». Фробишер крадет у Эйрса дневник Адама Юинга, о чём сообщает в одном из писем своему другу Руфусу Сиксмиту.
Периоды полураспада. Первое расследование Луизы Рей — 1972 год. Молодая амбициозная журналистка начинает расследование об изъянах в безопасности атомных реакторов крупной энергетической корпорации, на которое её натолкнул физик-ядерщик Руфус Сиксмит. Вместе с отчетом о проверке реакторов, ей в руки попадают письма сорокалетней давности, написанные композитором Робертом Фробишером.
Страшный Суд Тимоти Кавендиша — Наши дни (начало XXI века). 60-летний издатель, сорвавший куш на бестселлере и бегущий от возмездия братьев автора, попавшего в тюрьму. Из-за происков своего брата оказывается запертым в доме престарелых с весьма строгими правилами содержания. Читает книгу про Луизу Рей.
Оризон Сонми-451 — история разворачивается в будущем, в государстве Ни-Со-Копрос (бывшая Корея), – где всем правят корпорации, а у людей не осталось права на индивидуальность. В этом мире были созданы клоны («фабриканты»), которые должны прислуживать, а также очищать воду, загрязненную радиоактивными веществами. Каждый житель государства должен выплачивать квоту, каждый имеет «душу» – компьютерный чип, имплантированный в палец, без которого невозможно перемещаться по городу и путешествовать. Бо́льшая часть города непригодна для жизни – из-за токсических отходов производства и последствий ядерных катастроф. Все население разделено на «чистокровных» (рожденных естественным путем) и «фабрикантов» (клонов). Сонми-451 – «фабрикант». Она работает в кафе быстрого питания «Папы Сонга» – здесь клоны принимают заказы, убираются и разносят еду. Они живут в ресторане, работают по 19 часов в день и никогда не видели солнечного света. Хи-Джу Им – выпускник университета Тэмосан и член революционной группы, которого встречает Сонми. Винг-027 – хранитель архива, записавший последние слова Сонми-451[в книге она смотрит фильм по книге Тимоти Кавендиша о том как он сбежал из дома престарелых].
Переправа возле Слуши и все остальное — мир после ядерной войны. Города уничтожены, люди живут небольшими кланами, один из них (Жители Долин) находится на острове Га-Уае (отсылка к Гавайи). Здесь живут обычные люди. Остров находится за пределами страны: они сами выращивают еду и делают себе одежду. Раз в год они совершают путешествие на восточное побережье для торговли с Предвидящими – это называется Обмен в Хонокаа. Люди из клана Долин предлагают Предвидящим мясо, сыр, лечебные травы, шерсть и получают от Предвидящих вещи, которых у них нет, – рис, изюм, кофе, различные инструменты и др. Глава клана Жителей Долин – женщина Аббатисса. Ее дом – это святое место для всего клана, где хранятся иконы их предков. В этом примитивном мире Сонми-451 является божеством – члены клана молятся, чтобы она даровала им хороший урожай, удачу и безопасность. Если Сонми – богиня этого клана, то некоего Старого Джорджи считают дьяволом. Легенды гласят, он живет над Долиной, в месте, которого боятся все Жители Долин. Варвары Коны – клан агрессоров-каннибалов, нападающий на валлийцев. Закри – член клана Жителей Долин, а также главный повествователь в рассказе «Переправа возле Слуши и все остальное». Предвидящие – не деградировавший, современный клан, который пришел с Севера (предположительно с Алеутских островов, Аляска). Клан Предвидящих вымирает от ужасной болезни, а те, кто не успел заразиться, такие как Мероним, переселяются в отдаленные места, например на Га-Уаи, чтобы выжить. Мероним – 50-летняя женщина из клана Пророков, которая поселилась и жила с Закри и его семьей в течение года, чтобы больше узнать об устройстве общества валлийцев. У нее необычные способности (Жители Долин называют ее «Мудрая»), некоторыми навыками она делится с окружающими.