Мда...

Посмотрел я конфиги... и старый, и новый, и даже от альфы
Действительно, там ничего нет такого, что могло бы повлечь за собой такие последствия, как неправильная работа 2-й миссии учебки, тормоза и зависания.
Поиграл со всеми - всё работает как положено вроде бы
То есть лекарство - не новый конфиг, создаваемый игрой, а именно запуск игры без конфига.

Ещё информация к размышлению:
До удаления конфига, в тех миссиях, где должны давать весьма ограниченный боекомплект, мне давали полный.