Элементарно, Ватсон!
Жмем Load a chess set, выбираем папку где лежит Dat-файл с текстурой, которую хотим поменять, ОК:
Жмем Extract all textures, выбираем папку, куда извлекаем старые текстуры, ОК:
Жмем Replase textures, указываем папку, где лежат новые текстуры, ОК:
Вот и все. Новые текстуры запакованы, оригинальный Dat-файл сохранен с расширением .000
Есть, правда, путь попроще. В GWX2.0 по адресу SilentHunterIII\data\Textures\TNormal создаем папку tex и кидаем туда любые шкурки. Все замечательно цепляется.