Если кораблей больше, чем уровень базы- они дольше восстанавливаются. С самолетами также. Приписать можно сколько угодно. На ползунках всплывающие подсказки показывают чего зачем. Наводишь на минус- смотришь цифры бонусов. Затем на плюс- цифры бонусов другие. Профармия, в частности, уменьшает штраф по организации, но увеличивает стоимость превооружения вроде.