Блин, все надо разжевать
Надо вручную поправить conf.ini к такому виду

[window]
width=1440
height=900
width=1440
height=900

(разрешение естественно свое)
Теперь при запуске il2setup.exe будут сбрасываться в дефолт первые строчки, т.е. получите в conf.ini

[window]
width=640
height=480
width=1440
height=900

Но игра при запуске читает весь conf.ini и в итоге запуститься с разрешением 1440*900
И не надо будет ставить ридонли.