Что значит от внутреннего генератора? Насколько я понимаю, речь идет об опорном напряжении АЦП. У Меги существует 3 варианта опоры АЦП:
1 AREF pin
2 AVCC pin
3 Через внешний конденсатор на AREF
Насколько я вижу в схеме MJoy16 от Mindaugas Milasauskas вывод AREF посажен через конденсатор на землю (вообще-то не понятно, зачем это). Соответственно, опора берется с AVCC. Если нужно переделать на AREF, то в программе надо править значение регистра ADMUX. Если есть исходники, могу помочь.
А вообще, зачем это? Чтобы опора была не 5В, а скока-нить еще?