У меня наблюдался такой же эффект, когда, сравнивая производительность 8800GTS 512Мб и 3870, запустил The Black Death, не изменяя настроек Ил-2. Что странно - вода с включенными в conf.ini шейдерами 3.0 отображалась корректно, а горы - нет. Потом снизил настройки в Ил-2, не помогло. Настройки драйвера ATi были выставлены по умолчанию.