Просто-напросто нормальные транспорта не могли дойти до пунктов назначения, из-за господства американских авиации и ПЛ, на маршрутах следования и пунктах назначения. Яркий пример битва за Гуадалканал. Вот и приходилось японцам выкручиваться - создавать "токийские экспрессы" и посылать лодки в качестве транспортов т.к. это были единственные средства которые могли с относительно большей безопасностью доставлять предметы снабжения, хотя и в мизерных количествах.
У "Ямато" был радар ПВО все-таки флагманский корабль, но он не отбился, учитывая количество самолетов которые его атаковали. Только в первой волне 150 самолетов, а всего около 250. Вот про его последний бой.http://ship.bsu.by/main.asp?id=100495
И вот что он поймал во время этого боя.
В своем последнем бою «Ямато» сбил пять и повредил двадцать самолетов, а всего соединением уничтожено десять самолетов: четыре пикирующих бомбардировщика, три торпедоносца и три истребителя - не слишком дорогая цена за потопленный сверхлинкор и корабли эскорта. Всего в «Ямато» попало около десяти стандартных авиационных торпед с 270 кг «торпекса» (что эквивалентно 400 кг ТНТ) и тринадцать авиабомб по 250 кг.