Руководитель, не предотвративший Вашу незаменимость, неправ
Таких специалистов нужно заставлять с самого начала проекта писать пояснительную документацию и знакомить со своей работой коллег. И дело не в том, что можно будет меньше платить, а в том, что так будет обеспечена непрерывность работы предприятия.