Я, например
Вы правы. И именно это обстоятельство делает его весьма капризным.
Вариант 1: У вас в "Коммандере" включена функция Historical availability, из-за чего cfg-файлы "Волчандии" и cfg-файлы "Коммандера" путаются и сводят движок игрушки с ума (эта функция изначально придумывалась для ванильной версии "Хантера" и с "Волчандией" она дружит через раз).
Вариант 2: Один из модов, который LRT перекрывает, не хочет работать с файлами, которые LRT заменил на свои при установке.