Элементарно. Сколько тонн бомб поднимал (в реале) Ту-2, и сколько - Пе-2 (можно еще вспомнить и Ju-88 до кучи)? Вот вся эта разница была "упакована" в страшно тяжелую для бомбера, но зато прочную конструкцию самолета. Так мы получили большой двухмоторный бомбер, могущий поднять в воздух меньше бомбовой загрузки, чем даже одномоторная "Штука"...
Причина этого, конечно, была в том, что Пе-2 изначально был истребителем, а переделывать после "перепрофилирования" никто ничего не стал.