На субсиме это неоднократно обсуждалось.
Их вывод - можно заменить лишь текстуру поверхности.
Прозрачность и т.п. зашита в графическом движке.
Один чел ковырялся в 3d.grp, нашёл там порядка 20 текстур воды на разные случаи (погода и т.п.), но их замена ни к чему не привела (м.б. неправильно менял

Он сделал вывод что текстура воды зависит от шейдерных файлов .vso, находящихся в 3d.grp и не зависит от BMP.
Т.е., может надо "поработать" с .vso, если получится?
Кстати, мистер Kegetys ещё в 2005г. выпустил мод, улучшающий текстуру дна, льда, кильватерного следа, отражений.
Кому интересно - смотреть тут:
http://www.kegetys.net/dw/