Есть целая процедура опознавания.
При появлении контакта, оператор АВАКСа оценивает его высотно-скоростные параметры и прикидывается вероятность, что это может быть, ставит соответсвующую метку. Также центры боевого управления обычно знают (должны знать) о гражданских трассах и учитывают это.
По мере накопления информации о цели от своих датчиков и других источников информация обновляется. Например определяется, что это большой самолет (бомбардировщик, транспортный или пассажирский), если он что-то излучает, то скорее всего военный, если нет, то тут может быть что угодно. Далее может быть осуществлено опознавание по NCTR, т.е. по известной радарной сигнатуре. Все это конечно не дает 100% картины но если проанализировать совокупность факторов, то можно что-то предположить с большей или меньшей вероятностью.
Если совсем все непонятно, высылают перехватчики, чтобы те посмотрели визуально, что это за хрень.