Читай мануалы по командеру. Там есть параметр про запуск внешней
программы после конца миссии. Все очень просто.
Вручную есть смысл запускать если ты тестируешь. Тоесть сгенерировал миссию, запустил локальный сервер с новой миссией, отлетал, запустил генератор снова, посмотрел как изменились цифры.
Есть, но эти параметры (как я понял) нужны только если у тебя статический набор карт. В случае с генератором он записывает в файл mission.txt относительный путь к новой миссии и командер грузит её.
таки нужен

уже ведется работа.
ЗЫЖ Генератор снова обновился. Пофикшены баги.