Да почему не заканчивать? Просто ты ещё в эту местность вернешься не раз, потом и захватишь. Смотря в какой миссии выйти. Если в начале, когда еще нет тиранидов - то пофиг, если потом, когда тираниды будут, то при проигрыше миссии - пройдет день компании, а это увеличит заражение.