Операционка ни к чему не привязывается, но перед установкой новой материнской платы надо заменить драйверы контроллеров жестких дисков на "Стандартные", иначе она не загрузится. После первого запуска установить новые драйверы для всех устройств и удалить неиспользуемые от старой материнки. Так, мне кажется, будет быстрее, чем все программы переустанавливать.