Сколько раз менял железо полностью, ни разу ни с чем подобным не сталкивался. Просто ставил стандартные дрова контроллера жестких дисков и переносил раздел с виндой на новый хард. Раза 3 такое было у меня, система работала. Опять же на работе у нас есть винчестер с предустановленной и сконфигурированной виндой. С него система тупо копируется на каждый новый комп, и все работает без вопросов.