Ну как вариант (не раз приводимый выше кстати) - режим "тишина". В таком случае команда ни оборудование починять не будет, ни торпеды заряжать и тд.
В виду того, что неясно что именно и насколько сильно повреждено - вариант второй: повреждения не поддаются ремонту в походных условиях.
Вариант третий - а сколько времени прошло сначала ремонтных работ? В зависимости от повреждений, времени порой немало требуется (вот только не помню, есть ли в настройках пункт - реалистичное время ремонта?)