На всех серьезных радарных ЗРК системы госопознавания интегрированы. На ПЗРК это отдельный девайс.
ИМХО, причины неиспользования системы ГО прозаические, во-первых, не хочется таскать с собой дополнительные "железяки", во-вторых эти "железяки" нужно обслуживать, проверять, вводить коды и т.д. и т.п.