Насчёт видимости ночью. Я забыл про Sim.cfg. Судя по всему, Light factor - нужный тебе коэффициент. Там же есть коэффициенты для тумана и силы волнения.

По SkyColor.dat не уверен, но, кажется, цвета задаются текстурами Sky_atl1.tga и reflex_atlantic.tga (отражения?) для Атлантики.

По отражениям экспериментируй с параметрами в узлах WaterReflection. Для луны такой узел находится в scene.dat.