Зорге, спасибо. Сейчас зашел в свойства ярлыка (тестил на Иле), убрал все режимы совместимости и прочее, но поставил "Отключить композицию рабочего стола", при этом при запуске аэро на таскбаре выключается и Ил перестает терять фокус сразу же по запуску. Проверил ДосБокс, он тоже после такой галочки согласился без проблем в полноэкранный режим входить. Похоже, это проблему решает.