Возвращаясь к вопросу о торможении, см. мои посты №№ 784, 791 и 803

И так кроме правки conf.ini в секции [rts_joystick]
1X1=0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0
1Y1=0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0
надо поправить и settings.ini
AXE_X JoystickDevice1=brakes
AXE_Y JoystickDevice1=brakes
То что добавлено руками, то выделено жирным текстом, а вот когда и отчего они пропали

PS Исправления справедливы для FCS X52