Distant Guns. Русско-японская война на море.

[JoG]

А хотелось бы некоего подобия баллистической модели с моделированием траекторий всех снарядов и модели повреждений, учитывающей попадание каждого снаряда в конкретную точку корабля и конкретные последствия каждого попадания.

Так и есть. Стрельба "честная" - моделируется полет и попадание каждого снаряда, повреждения зависят от того, пробил ли снаряд броню, от места попадания и т.п. Никакого "иммитационного характера".
Другое дело, что результаты попадания можут быть... гм... странными.
Насчет остальной физической модели не скажу.

Хотелось бы, чтобы корабль был смоделирован как сложная техническая система из множества элементов с реальными техническими характеристиками, с реальной геометрией и конструкцией, с учетом экипажа и его действиями по управлению всеми системами корабля.

В принципе, так и есть. Экипаж тоже играет какую-то роль. Достаточно ли освещено его влияние на боеспособность - это отдельная тема.