Это всего лишь означает что провод USB исправен, Мега и кварц - живые.
Даже если снять Атмегу - неизвестное устройство определяется по резистору подтяжки 2.2к
Значит скорее всего дело возле ЮСБ - полярности проводов, стабилитронов, также можно поколдовать номиналом резисторов 68 Ом