Тогда все просто. Нужно снести эту установку Lock On, причем вычистить ее полностью - удалить папку с игрой после uninstall (если останется), залезть в реестр и снести ветки HKLM\Software\Eagle Dynamics и HKCU\Software\Eagle Dynamics.
После чего установить игру заново. И лучше натянуть крайний патч - он много глюков правит.
Должно помочь.
P.S. Подумал тут - а может все еще проще - джойстик подключается после того как Lock On запускается? Если так, то можно попробовать просто выйти из игры, "передернуть" джойстик (можно в другой USB порт если так просто не поможет), и запустить игру еще раз.