P.S.: Стоит 2-а мода, на звук и на глубину погружения 400м.
Как ставил? Скорее всего дело в глубине.

У меня другая проблемка. Поставил с ноля игру и мод GWX3, потом сверху поставил CLAssemblage2, больше никаких модов нет. У меня небо всегда чёрное, облака нормальыне, а цвет неба чёрный.
Сталкивался с таким... где то ошибка в файлах SilentHunterIII\MODS\CLAssemblage2(GraphicPack)\data\Env, если не ошибаюсь. Перекачай или переключи для начала.